载体表面必须具有可进行化学反应的活性基团，以便于生物分子进行偶联。使单位载体上结合的生物分子达到最佳容量，载体应当是惰性的和有足够的稳定性，载体具有良好的生物兼容性，以利于制作不同种类的芯片。

　　载体类型：玻片、硅片、硝酸纤维素膜、尼龙膜等

　　膜：优点：有孔性三维结构，与核酸亲和力强，杂交技术成熟，通常无需另外包被。缺点：膜的表面性质不是很均一；单位面积上点样密度低，需要更多的样本量；背景较高；容易卷曲等。所以限制了膜的应用范围。

　　玻璃：持久的载体，耐受高温和高离子强度；具有不浸润性，使杂交体积降低到最小；疏水表面克服了样点容易扩散的缺点，提高了样点的密度；荧光信号低，不会造成很强的背景干扰；

　　硅:除了具有玻片的性质外，还有良好的导热性。缺点：不透明，不利于光学检测；具有比较强的表面非特异性吸附；不容易进行表面修饰。

　　基片处理

　　目的：要使得要使得基片表面富含活性基团，这种活性基团具有吸附能力和固定能力，能很好的连接生物分子。 方法：表面修饰  表面涂敷

　　点样

　　目的：将生物分子放到芯片表面指定的位置。 方法：接触式点样 非接触式点样 点样元件

　　固定

　　定义：处理好的基片结合各种生物分子的过程。目的：加强生物分子与基片表面的结合方法：室温放置、紫外交联、烘烤

　　封闭

　　定义：固定完以后，用一些试剂将基片表面没有固定生物分子的活性基团反应掉，这一过程称为封闭。目的：降低芯片在使用过程中表面的非特异性结合，提高芯片的灵敏度。封闭试剂：指进行封闭所采用的试剂。常用的封闭试剂：硼氢化纳、三乙醇胺、BSA。

　　根据作用方式分类